Quan Chi halálával az Árnybirodalom rendje is felborult. Az öntudatukra éberedt alakmások közül Liu Kang ragadta magához a hatalmat és Császárrá koronázta magát. Raiden látogatása után nem sokat rágódhatott a villámisten fenyegetésén, mert Noob Saibot vezetésével egyből támadás érte a palotáját. Felesége Kitana, anyósa Sindel és barátja Kung Lao segítségével visszaverték a lázadó alakmásokat. Liu gyorsan rájött, hogy a legégetőbb problémája az uralmának megszilárdítása. Hadsereg szervezésébe kezdett és megbízta Nightwolfot a saját varázslórendjének megalapításával. A harc azóta is folyamatosan dúl....